PETUNJUK TEKNIS PEMANTAUAN Bean golden mosaic virus

I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Pelaksanaan pemantauan daerah sebar OPT/OPTK di Unit Pelaksana Teknis lingkup Badan Karantina Pertanian mengacu pada “Petunjuk Teknis Pelaksanaan Pemantauan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina” yang diterbitkan oleh Badan Karantina Pertanian tahun 2006. Dalam petunjuk teknis pelaksanaan tersebut baru memberi acuan secara umum tentang pemantauan, namun belum mengatur bagaimana cara pelaksanaan pemantauan yang lebih terinci.

Maka disusunlah Petunjuk Teknis Pemantauan Bean golden mosaic virus yang memuat cara pelaksanaan pemantauan yang lebih terinci. Pada buku Petunjuk Teknis Pemantauan Bean golden mosaic virus ini berisi sifat-sifat karakteristik dan gejala yang muncul pada tanaman inang. Oleh karena itu diharapkan buku Petunjuk Teknis ini dapat digunakan sebagai acuan Petugas Karantina Tumbuhan dalam pelaksanaan Pemantauan tahun 2014.

B. Tujuan

Untuk memberi pedoman kepada pelaksana pemantauan agar dalam pelaksanaan pemantauan dilapang dapat dilakukan secara seragam dan diharapkan dapat memperoleh data yang benar-benar mewakili keadaan sebenarnya di lapangan.

II. TINJAUAN PUSTAKA

1. Taksonomi

Domain : Viruses

Family : Geminiviridae

Genus : Begomovirus

Spesies : Bean Golden Mosaic Virus

Nama ilmiah lain :

- bean golden mosaic geminivirus

- bean golden mosaic bigeminivirus

- mosaico dorado

- bean golden mosaic virus (type 1) Brazil

2. Morfologi

Geminivirus dicirikan dengan bentuk partikel kembar berpasangan (geminate) dengan ukuran sekitar 30 x 20 nm.

Partikel virus yang rangkap, tidak menyelimuti, partikel berpasangan adalah 18-20 nm diameter dan 30 nm panjang, profil sudut, pengaturan capsomere tidak mudah terlihat. Daun getah mengandung beberapa partikel. Mikroskop elektron: aldehyde diperlukan untuk fiksasi kecuali asam fosfotungstat (PTA) digunakan pada pH 4 (Brunt et al, 1990.).

3. Inang

Inang primer : Vigna sp. (kacang panjang, cowpea), Phaseolus sp., Phaseolus lathyroides,Phaseolus acutifolius, Glycine max (kedelai, soybean)

Inang Sekunder : Cajanus cajan (kacang gude), Calopogonium mucunoides, Pachyrhizus erosus, Vigna angularis, Phaseolus coccineus, Vigna mungo, Nicotiana tabacum (tembakau, tobacco)

4. Media Pembawa

Buah / polong (Fruits/pods), perbungaan (inflorescence), daun (leaves), batang (stems) dan seluruh tanaman (whole plant).

BGMV tidak dilaporkan seedborne.

5. Biologi

BGMV ditransmisikan secara terus-menerus oleh kutu putih atau kutu kebul (Bemisia tabaci) secara persisten yang berarti selama hidupnya virus terkandung di dalam tubuh kutu tersebut. Dewasa dapat memperoleh virus dalam waktu 6 menit . BGMV dipertahankan selama berhari-hari atau berminggu-minggu , dan melalui mabung . Tidak berkembang biak dalam vektor dan tidak menular secara langsung ke keturunan . Non – vector transmisi adalah dengan inokulasi mekanis ( dengan pengecualian isolat dari Argentina dan Brazil ) , dengan mencangkok, tetapi tidak oleh kontak antara tanaman. Virus tidak ditularkan lewat biji dan juga tidak ditularkan lewat kontak langsung antar tanaman.

6. Gejala

Gejala penyakit pada tanaman cabai berupa bercak kuning di sekitar tulang daun, kemudian tampak vein clearing yang berkembang menjadi warna kuning sangat jelas, tulang daun menebal dan helai daun menggulung ke atas (cupping). Gejala lanjut penyakit ini menunjukan daun-daun muda menjadi kecil-kecil, helai daun berwarna kuning cerah atau hijau muda yang berseling dengan warna kuning dan cerah yang akhirnya tanaman kerdil (Sulandari et al., 2001).

Tanaman cabai yang terserang virus ini menunjukkan gejala: daun menguning cerah/pucat, daun keriting (curl), daun kecil-kecil, tanaman kerdil, bunga rontok, tanaman tinggal ranting dan batang saja, kemudian mati. Infeksi virus pada awal pertumbuhan tanaman menyebabkan tanaman menjadi kerdil dan tidak menghasilkan bunga dan buah. Gejala kuning dapat dilihat dari kejauhan.

Gejala : Vena menguning , jaring dan kliring , memperluas klorosis interveinal kuning cerah . Daun muncul setelah gejala pertama kali muncul meringkuk turun , gagal untuk memperluas dan menjadi kaku dan kasar (EPPO quarantine pest ) .

Gejala dari bagian tanaman yang terkena

Buah / polong: bentuk abnormal.

Perbungaan: jatuh atau shedding.

Daun: warna tidak normal, bentuk normal.

Batang: pertumbuhan abnormal.

Seluruh tanaman: pengerdilan.

Daerah Sebar

Amerika Utara : Meksiko, Amerika Serikat ( Florida ) .

Amerika Tengah dan Karibia : Kosta Rika , Kuba , Republik Dominika , El Salvador

( gejala saja) , Guatemala , Jamaika , Nikaragua ( gejala saja) , Panama ( gejala saja) , Puerto Rico .

Amerika Selatan : Argentina , Brazil, Kolombia , Venezuela , luas di daerah tropis dan subtropis Amerika




I. TATACARA PEMANTAUAN

1. Pengambilan Sampel di Lapangan

Pemantauan dilaksanakan di setiap Kabupaten di Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Di setiap Kabupaten dari masing-masing lokasi pemantauan dipilih 3 Kecamatan yang selanjutnya dianggap sebagai “sampling area”. Dari masing-masing Kecamatan atau sampling area tersebut ditentukan 3 (tiga) Desa.

Pengamatan gejala serangan :

1) Pengambilan gejala di lapangan sesuai dengan gejala yang sudah disebutkan pada bab sebelumnya.

2) Sampel diambil dari tanaman yang menunjukkan gejala serangan, diusahakan disertakan bagian tanaman yang sehat dan bagian yang sakit, sebab sampel yang diambil dari tanaman dengan gejala penyakit sudah terlalu berat seringkali tidak berguna. Hal tersebut dikarenakan organisme patogen penyebabnya sudah tidak dapat dibedakan dengan organisme saprofit pada jaringan nekrotik.

3) Dilakukan pengambilan gambar pada tanaman yang dijadikan sampel.

4) Dicatat gejala serangan yang muncul, luas serangan, populasi, dll.

5) Dicatat identitas lokasi/alamat tempat pengambilan sampel, jika memungkinkan gunakan GPS.

Pengambilan dan penyimpanan specimen tanaman/ spesies OPTK

1) Spesimen dimasukkan ke dalam kantung kertas ( paper bag ), kemudian dijaga supaya spesimen tidak kering.

2) Spesimen Sebaiknya disimpan dalam kondisi sejuk dan terhindar dari sinar matahari apabila memunginkan.

3) Tiap sampel selalu diberi label.

Pengiriman spesimen tanaman/ spesies OPTK

Hal penting yang harus diperhatikan dalam pengiriman sampel :

1) Usahakan untuk pengambilan sampel pada hari yang sama dengan pengiriman sampel untuk menjaga kesegaran.

2) Menyiapkan sampel duplikat, sampel kedua digunakan sebagai bahan referensi.

3) Simpan pada kondisi yang sesuai, yaitu kalau memungkinkan pada suhu yang rendah.

4) Sisakan dan simpan satu sampel yang disiapkan dengan metode yang sama.

5) Hindari mengirim bahan tanaman mati.

6) Hindari menambahkan kelembaban atau membungkus sampel basah.

7) Hindari bahan sampel mengering.

8) Lakukan segera pengamatan di Laboratorium hasil sampel yang didapat.


2. Penanganan sampel di Laboratorium

1) Uji Serologi dengan Elisa

( Protokol ADGEN, TAS – ELISA Mouse Monoclonals)












REFERENSI


Basisdata OPTK. http://www.karantina.deptan.go.id

CABI Crop Protection Compendium. Bean golden mosaic virus.. http:// www. Cabicompendium.org.

Mudmainah dan Purwanto. 2010. Deteksi Begomovirus Pada Tanaman Cabai Merah Dengan I-Elisa Test Dan Teknik Pcr. J. Agroland 17 (2) : 101 - 107

Eppo Quarantine. Pest.http://www.eppo.int

ANALISIS RESIKO ORGANISME PENGGANGGU TANAMAN (AROPT) BERDASARKAN ISPM NO.11

Analisis resiko OPT adalah suatu pedoman yang dikeluarkan oleh IPPC melalui ISPM No.2 (Guidelines for Pest Risk Analysis) dan No.11 (Pest Risk Analysis for Quarantine Pests). Semua kegiatan yang dilakukan pada kegiatan Analisis Resiko OPT sudah jelas tertulis pada ISPM No.2 dan No.11. 

Analisis Resiko Organisme Pengganggu Tanaman (AROPT) dalam ISPM no. 2 diartikan sebagai suatu proses evaluasi OPTsecara keilmuan ilmiah (ekologi, biologi,ekonomi, sosial budaya, dll.) sehingga dapat ditentukan apakah terhadap suatu OPT perlu dikenakan ketentuan fitosanitari, dan seberapa ketat ketentuan fitosanitari akan diberlakukan.

Tulisan ini akan membahas secara ringkas isi dari peraturan karantina pada ISPM no. 11 tentang analisis resiko organism pengganggu tanaman (AROPT). Pada ISPM no 11 tentang manajemen dan analisis resiko OPT, terdapat tiga tahapan dalam melakukan analisis resiko OPT yaitu :

1. Inisiasi (Initiation)

2. Penilaian Resiko OPT (Pest Risk Assessment)

3. Manajemen Resiko OPT (Pest Risk Management)

A. INISIASI (INITIATION) 

Inisiasi berfungsi untuk mengidentifikasi dan menentukan status suatu OPT yang memiliki kemungkinan terbawa oleh media pembawa dari negara asalnya. Inisiasi terbagi menjadi beberapa tahapan yaitu :

1. Mengidentifikasi media pembawa: 

• Benih (biji, batang, daun, kecambah, culture jaringan, dll)

• Peruntukan (konsumsi, bahan baku industri, benih, dll.);

2. Membuat daftar OPT yang berpotensi terbawa oleh media pembawa

3. Apabila tidak ditemukan OPT yang berpotensi terbawa oleh media pembawa maka AROPT dihentikan;

4. Jika ditemukan OPT berpotensi terbawa media pembawa, maka OPT dievaluasi apakah memenuhi kriteria atau berpotensi sebagai “OPTK/quarantine pest”

5. Setiap OPT yang memenuhi kriteria OPTK dilanjutkan ke tahap penilaian risiko/risk assessment.

Berdasarkan obyeknya, inisiasi dibedakan menjadi dua :

a. Inisiasi berdasarkan media pembawa 

Mengidentifikasi media pembawa apakah berpotensi membawa quarantine pest/OPTK.

Syarat:

· Belum pernah dilakukan AROPT terhadap media pembawa yang akan diimpor (importasi pertama kali) 

· Importasi media pembawa yang sama namun berasal dari negara yang berbeda

· Importasi dari negara yang sama namun media pembawa berbeda;

· Adanya perubahan kebijakan pemerintah

· Ditemukan infestasi atau outbreak/peledakan populasi OPT baru di negara asal atau di Indonesia

· Adanya intersepsi OPT baru pada komoditi impor di tempat pemasukan

b. Inisiasi berdasarkan OPT : 

Mengidentifikasi OPT apakah berpotensi sebagai quarantine pest (OPTK)

· Diketahui adanya resiko OPT baru dari hasil penelitian

· Suatu OPT terintroduksi ke suatu negara lain dari negara pengekspor

· Suatu OPT dilaporkan menjadi lebih merusak di suatu area di luar daerah asalnya;

· OPT tertentu sering ditemukan pada suatu komoditi

· Permintaan impor terhadap suatu organisme, yang berpotensi menjadi OPT

· Suatu organisme teridentifikasi sebagai vektor dari OPT lainnya, yang tidak diketahui sebelumnya

· Organisme Hasil Rekayasa Genetik (OHRG) atau Genetic Modified Organism (GMO) yang berpotensi menjadi OPT. 

B. PENILAIAN RESIKO OPT  (PEST RISK ASSESSMENT)

Penilaian potensi resiko suatu OPT bertujuan untuk menentukan apakah suatu OPT dapat dikategorikan sebagai OPTK dan mengevaluasi potensi terjadinya introduksi. Adapun penilaian resiko OPT terbagi menjadi enam, yaitu :

1. Penggolongan OPT berdasarkan tingkat klasifikasi.

2. Penilaian OPT sebagai OPTK

3. Potensi Menetap (Establish Potential)

Faktor yang dinilai:

· Informasi biologi (siklus hidup, ketersediaan inang, dll)

· Kesesuaian OPT di PRA area dibandingkan dengan daerah 

4. Potensi Menyebar (Spread Potential )

 Faktor yang dinilai:

· Membandingkan proses penyebaran di negara asalnya

· Keseuaian lingkungan (alami atau lingkungan budidaya

· Penyebaran melalui komoditas dan alat angkut

· Tujuan pemasukan (intended use)

· Ketersediaan vektor dan potensi musuh alami di PRA area

5. Potensi Masuk ke PRA Area (Introduction Potential)

Faktor yang dinilai:

· Frekuensi dan jumlah Media pembawa

· Peluang terbawa OPT pada media pembawa dan Alat angkut

· Kemampuan bertahan OPT selama perjalanan

· Kemampuan deteksi di tempat pemasukan

· Kemampuan membebaskan media pembawa dari OPTK

· Kemampuan melakukan eradikasi

· Jumlah dan frekuensi keluar-masuk manusia di tempat pemasukan.

6. Potensi Menimbulkan Kerugian Secara Ekonomi 

      Faktor yang dinilai:

· Potensi menimbulkan kehilangan pasar;

· Potensi menyebabkan biaya tambahan dalam rangka pengendalian;

· Potensi mengganggu program pengendalian OPT yang sedang berjalan

· Potensi menimbulkan kerusakan lingkungan dan vektor bagi OPT lain

· Potensi menimbulkan masalah sosial di masyarakat 

C. MANAJEMEN RESIKO OPT (PEST RISK MANAGEMENT)

Pengelolaan potensi resiko suatu OPT diartikan sebagai upaya untuk memperkecil kemungkinan terjadinya introduksi. Prinsip dalam melakukan manajemen atau pengelolaan resiko OPT meliputi :

1. Pengelolaan risiko OPTK  harus proporsional/tidak berlebih-lebihan

2. Ketentuan fitosanitari sebaiknya diaplikasikan untuk wilayah terbatas sehingga akan dicapai tingkat perlindungan yang efektif

3. Pengelolaan risiko merupakan pilihan dari beberapa opsi yang meliputi

a. Persyaratan Karantina Tumbuhan : 

· Memiliki Sertifikat Kesehatan Tanaman (PC)

· Dimasukkan di tempat-tempat pemasukan yang telah ditetapkan 

· Dilaporkan dan diserahkan kepada Petugas Karantina Tumbuhan untuk keperluan tindakan karantina

b.  Kewajiban Tambahan 

· Diberi perlakuan, ditanam di PFA, pemeriksaan selama musim tanam,  dan sertification scheme

· Pemeriksaan di tempat pemasukan dan tindakan karantina pasca masuk

· Pelarangan bagi komoditas tertentu dari daerah tertentu 

Analisis Risiko OPT melalui tiga tahapan di atas harus didokumentasikan dengan baik agar apabila dikemudian hari terjadi perselisihan akibat adanya ketidaksesuaian, maka alasan kenapa hal tersebut diberlakukan berikut sumber informasinya dapat disampaikan kepada pihak yang memerlukan. Setelah dibahas dan dikomunikasikan (Risk Communication), dokumen AROPT harus disahkan oleh Kepala Badan Karantina Pertanian. Sebelum diimplentasikan, hasil AROPT sebaiknya dikomunikasikan dengan negara calon pengekspor (risk communication). Komunikasi dimaksudkan untuk memperoleh kesepakatan berkaitan dengan ketentuan atau persyaratan yang akan diberlakukan (***)

Cara Kerja Elisa CGMMV

Cara Kerja Elisa CGMMV (Cucumber Green Mottle Mosaic Virus)
Berdasar Protokol Agdia CAB 45701

1.       Siapkan peta well.

2.       Siapkan humid box (kotak tertutup berisi kertas towel basah).

3.       Siapkan larutan capture antibody (capture antibody ditambah carbonate coating buffer)

·         Carbonate coating buffer : 10x konsentrasi

·         Capture antibody : 200x konsentrasi

·         Tiap well memerlukan 100 µl larutan capture antibody

·         Sesuaikan perhitungan dengan jumlah well

·         Aduk merata

4.       Masukkan 100 µl capture antibody ke dalam tiap well sesuai peta.

5.       Masukkan plate ke dalam humid box, inkubasi 4°C semalam atau 4 jam pada suhu ruang.

6.       Cuci plate

·         Buang isi well dengan cepat

·         Isi well dengan larutan PBST. Buang dengan cepat, lalu tepuk-tepukkan pada kertas towel

·         Ulangi 2x lagi

7.       Siapkan larutan GEB

·         Komposisi : Buffer powder (16,5) g + Tween 20 (10ml) + aquades steril (500 ml)

8.       Siapkan sampel

·         Timbang 1 g daun bergejala

·         Gerus dalam plastik berisi 2 ml larutan GEB sampai halus

·         Tambahkan 8 ml larutan GEB, campur dengan menekan plastik

9.       Siapkan kontrol positif, kontrol negatif dan buffer (GEB).

10.   Masukkan 100 µl sampel, kontrol positif, kontrol negatif dan buffer ke dalam well sesuai peta.

11.   Masukkan plate ke dalam humid box, inkubasi 4°C semalam atau 2 jam pada suhu ruang.

12.   Cuci plate

·         Buang isi well dengan cepat

·         Isi well dengan larutan PBST. Buang dengan cepat, lalu tepuk-tepukkan pada kertas towel

·         Ulangi 7x lagi

13.   Siapkan larutan enzyme conjugate (alkaline phosphat enzyme conjugate ditambah ECl buffer) sepuluh menit sebelum digunakan.

·         Alkaline phosphat enzyme conjugate : 200x konsentrasi

·         ECl buffer : 5x konsentrasi

·         Tiap well memerlukan 100 µl larutan enzyme conjugate

·         Sesuaikan perhitungan dengan jumlah well

·         Aduk merata

14.   Masukkan 100 µl enzyme conjugate ke dalam tiap well sesuai peta, tunggu 5 menit.

15.   Inkubasi plate dalam humid box selama 2 jam pada suhu ruang.

16.   Siapkan larutan PNP 1mg/ml, 15 menit sebelum inkubasi berakhir

·         Tablet PNP :  5 mg/tablet

·         PNP substrate buffer : 5x konsentrasi

·         Masukkan tablet PNP ke dalam botol berlapis aluminium foil tanpa menyentuh tablet.

17.   Cuci plate

·         Buang isi well dengan cepat

·         Isi well dengan larutan PBST. Buang dengan cepat, lalu tepuk-tepukkan pada kertas towel

·         Ulangi 7x lagi

18.   Masukkan 100 µl larutan PNP ke dalam tiap well sesuai peta. Tutup plate dengan aluminium foil.

19.   Inkubasi plate dalam humid box selama 60 menit pada suhu ruang. Masukkan dalam tempat gelap.

20.   Amati perubahan warna. Baca dengan Elisa Reader (absorbansi 450 nm).

Cara Kerja Elisa Pantoea stewartii

Cara Kerja Elisa Pantoea stewartii
Berdasar Protokol Agdia CAB 52000

1.       Siapkan peta well.

2.       Siapkan humid box (kotak tertutup berisi kertas towel basah).

3.       Siapkan larutan capture antibody (capture antibody ditambah carbonate coating buffer)

·         Carbonate coating buffer : 10x konsentrasi

·         Capture antibody : 100x konsentrasi

·         Tiap well memerlukan 100 µl larutan capture antibody

·         Sesuaikan perhitungan dengan jumlah well

·         Aduk merata

4.       Masukkan 100 µl capture antibody ke dalam tiap well sesuai peta.

5.       Masukkan plate ke dalam humid box, inkubasi 4°C semalam atau 4 jam pada suhu ruang.

6.       Cuci plate

·         Buang isi well dengan cepat

·         Isi well dengan larutan PBST. Buang dengan cepat, lalu tepuk-tepukkan pada kertas towel

·         Ulangi 2x lagi

7.       Siapkan larutan GEB

·         Komposisi : Buffer powder (16,5) g + Tween 20 (10ml) + aquades steril (500 ml)

8.       Siapkan sampel

·         Timbang 1 g daun bergejala

·         Gerus dalam plastik berisi 2 ml larutan GEB sampai halus

·         Tambahkan 8 ml larutan GEB, campur dengan menekan plastik

9.       Siapkan kontrol positif, kontrol negatif dan buffer (GEB).

10.   Masukkan 100 µl sampel, kontrol positif, kontrol negatif dan buffer ke dalam well sesuai peta.

11.   Masukkan plate ke dalam humid box, inkubasi 4°C semalam atau 2 jam pada suhu ruang.

12.   Cuci plate

·         Buang isi well dengan cepat

·         Isi well dengan larutan PBST. Buang dengan cepat, lalu tepuk-tepukkan pada kertas towel

·         Ulangi 7x lagi

13.   Siapkan larutan enzyme conjugate (alkaline phosphat enzyme conjugate dan detection antibody, ditambah ECl buffer) sepuluh menit sebelum digunakan.

·         Alkaline phosphat enzyme conjugate : 100x konsentrasi

·         Detection antibody : 100x konsentrasi

·         ECl buffer : 1x konsentrasi

·         Tiap well memerlukan 100 µl larutan enzyme conjugate

·         Sesuaikan perhitungan dengan jumlah well

·         Aduk merata

14.   Masukkan 100 µl enzyme conjugate ke dalam tiap well sesuai peta.

15.   Inkubasi plate dalam humid box selama 2 jam pada suhu ruang.

16.   Siapkan larutan PNP 15 menit sebelum inkubasi berakhir

·         Tablet PNP :  5 mg/tablet

·         PNP substrate buffer : 5x konsentrasi

·         Masukkan tablet PNP ke dalam botol berlapis aluminium foil tanpa menyentuh tablet.

17.   Cuci plate

·         Buang isi well dengan cepat

·         Isi well dengan larutan PBST. Buang dengan cepat, lalu tepuk-tepukkan pada kertas towel

·         Ulangi 7x lagi

18.   Masukkan 100 µl larutan PNP ke dalam tiap well sesuai peta. Tutup plate dengan aluminium foil.

19.   Inkubasi plate dalam humid box selama 60 menit pada suhu ruang. Masukkan dalam tempat gelap.

20.   Amati perubahan warna. Baca dengan Elisa Reader